Nachdem die Augustiner Eremiten 1294 auf dem Haberfeld vor den Toren Münchens ein Kloster gegründet hatten, wurde zu Beginn des 14. Jahrhunderts auch eine Brauerei aufgebaut, die für die Ökonomie der Mönche unerlässlich war. 1328 wurde die Brauerei erstmals namentlich genannt.
Bis zur Fertigstellung des Münchner Domes im Jahr 1494 war die Hallenkirche des Augustinerklosters der größte Sakralbau in München.
Die Augustinermönche belieferten die Wittelsbacher Herzöge mit ihrem hoch geschätzten, starken Bier, bis die Herzöge sich ab 1589 vom eigenen Brauhaus - dem neu gegründeten Hofbräuhaus - versorgen ließen.
Die Augustinermönche erlangten besondere Popularität in München, als eine lebensgroße Wachs-Christusfigur, die von den Gläubigen verehrt wurde, ein Jahr nach ihrem tragischen Zerbrechen wieder unversehrt zum Vorschein gekommen war. Seither erfuhr die Figur besonderen Zulauf, weil sie als wundertätig galt. Sie wird heute noch im Advent in der Bürgersaalkirche ausgestellt.
Die Münchner Augustinermönche zählten zu den ersten Mitgliedern der Bayerischen Akademie der Wissenschaften.
Im Rahmen der Säkularisation mussten die Mönche das Kloster verlassen und es wurde aufgelöst. Nur die Klosterbrauerei wurde anfänglich unter staatlicher und später unter privater Führung weitergeführt. Die Klosterkirche wurde als Mauthalle, das Konventgebäude vom Justizministerium genutzt.
Wegen Baufälligkeit der Räumlichkeiten wurde die Brauerei vom Klosterareal in die Neuhauser Straße verlegt.
Anton und Therese Wagner, eine Brauerfamilie aus Attaching bei Freising, erwarben die Sudstätte. Seitdem ist die Brauerei eine bürgerliche Privatbrauerei in Familienbesitz.
Zur Erweiterung der Brauerei an der Neuhauser Straße erwarb Anton Wagner um 1840 einen Lagerkeller an der Rosenheimer Straße.
Nach dem Tod von Anton Wagner führte seine Frau Therese die Brauerei weiter.
1852 wurden erstmals Dampfmaschinen für die Produktion eingesetzt.
Therese Wagner erwarb einen Lagerkeller an der Landsberger Straße. Auf dieses Gelände wurden später die gesamten Produktionsanlagen verlegt.
Josef Wagner (JW) übernahm nach dem Tod seiner Mutter Therese die Brauerei.
Zur Erweiterung der Produktionsstätten wurde der Augustinerkeller an der Arnulfstraße als Lagerkeller erworben. In der Halle und im Garten gab es einen Bierausschank, wo die Münchnerinnen und Münchner rauschende Feste feierten.
Seit wann und in wie vielen Bierbuden Augustinerbier auf dem Oktoberfest ausgeschenkt wurde, ist nicht bekannt. Durch diese Abbildung einer Augustiner-Bierbude ist das Jahr 1867 nachgewiesen.
Josef Wagner war mit seiner Augustiner Brauerei Gründungsmitglied des Bayerischen Brauerbundes.
Nach der Fertigstellung des Neubaus an der Landsberger Straße konnte der Brauereibetrieb umziehen.
1884 wurde der erste Sud durchgeführt.
In der Neuhauser Straße ging der Gaststättenbetrieb weiter.
Erstmals wurde das Warenzeichen für die Brauerei eingetragen: „JW“, die Initialen von Josef Wagner, mit dem Abtsstab (Bischofsstab). Damit wurden von nun an die Fässer, Krüge und Fahrzeuge gekennzeichnet.
Der bekannte Münchner Architekt Emanuel von Seidl baute die Gaststätte an der Neuhauser Straße in einen Münchner Bierpalast um.
Erstmals war die Augustiner Brauerei mit einer großen Bierburg auf dem Oktoberfest vertreten.
Einführung der Biersorte "Edelstoff".
Die Bierburg wurde durch eine neue Festhalle mit Turm ersetzt. Mit dieser Architektur ist die Augustinerbrauerei bis heute auf dem Oktoberfest vertreten, 1949-2010 jedoch ohne Turm.
Die Produktionsanlagen waren durch die Bombenangriffe auf München zu 60 Prozent zerstört.
Einführung der Biersorte "Maximator"
Einführung der Biersorte "Wiesn-Edelstoff", unser heutiges Oktoberfestbier
Einführung der Biersorte "Pils"
Das Sudhaus wurde erneuert und neue Sudpfannen aus Edelstahl wurden eingebaut.
Einführung der Biersorte "Weißbier"
Seit 1987 ist die Augustiner Brauerei die einzige der sechs Münchner Brauereien auf dem Oktoberfest, die ihr Bier nur aus dem Holzfass zapft.
Edith Haberland-Wagner, die letzte Verwandte mit dem Nachnamen Wagner und Haupteigentümerin der Brauerei, vermacht ihre Anteile der von ihr gegründeten Edith-Haberland-Wagner Stiftung. Nun hält die Stiftung etwas über 50 Prozent der Augustiner Brauerei. Die Stiftung engagiert sich insbesondere in den Bereichen Jugend- und Denkmalschutz sowie bei der Kulturförderung.
Eröffnung des Logistikzentrums in Freiham-Süd.
Zum 200-jährigen Oktoberfest-Jubiläum wurde der Turm nach historischem Vorbild wieder aufgebaut.
Augustiner Bier wird mit der Eröffnung des Augustiner Klosterwirts wieder am Ort seines Ursprungs ausgeschenkt: im Münchner Augustinerkloster.
Erstmals seit 1947 sind die ehemaligen Wohnräume der Brauerfamilie Wagner im Augustiner Stammhaus in der Neuhauser Straße wieder für die Öffentlichkeit zugänglich. In den sechs aneinanderreihenden Salons, die heute für Veranstaltungen zu Verfügung stehen, erkennt man ganz klar die Handschrift des Villenarchitekten Emanuel von Seidl.
Im Jahr 2020 hat sich die Brauerei dazu entschlossen, ihr Energiemanagement zu erweitern und in ein Umweltmanagementsystem gemäß der EMAS-Verordnung umzuwandeln. Seit 2021 ist die Augustiner-Bräu Wagner KG EMAS-zertifiziert und verbessert seitdem stetig ihre Umweltleistung.